Het bestuur van Nationaal Programma Groningen bestaat uit overheden (het Rijk, de provincie Groningen en gemeenten in het aardbevingsgebied) en diverse organisaties. Directeur Siem Jansen stuurt het programmabureau aan en is de belangrijkste adviseur van het bestuur.
Het algemeen bestuur zet de grote lijnen uit en in het dagelijks bestuur zit een een afvaardiging van het algemeen bestuur.
Algemeen bestuur
Johan Remkes
Onafhankelijk voorzitter
Jouke de Vries
Vertegenwoordiger kennisinstellingen
Frans Keurentjes
Vertegenwoordiger landbouw
Mirjam Wulfse
Gedeputeerde provincie Groningen
Bas Wallis de Vries
Vertegenwoordiger zorg
Henk Jan Bolding
Burgemeester gemeente Het Hogeland
Koen Schuiling
Burgemeester gemeente Groningen
Annalies Usmany-Dallinga
Wethouder gemeente Eemsdelta
Anita Winter
Vertegenwoordiger bedrijfsleven
Hans Vijlbrief
Staatssecretaris Mijnbouw
Melissa van Hoorn
Gedeputeerde provincie Groningen
Herman Rinket
Groninger Gasberaad
Cora-Yfke Sikkema
Burgemeester gemeente Oldambt
Adriaan Hoogendoorn
Burgemeester gemeente Midden-Groningen
Hanke Bruins Slot
Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties
Johan Visser
Vertegenwoordiger chemische industrie
Esther Borstlap
Vertegenwoordiger woningcorporatiesDagelijks bestuur
Johan Remkes, Adriaan Hoogendoorn, Koen Schuiling, Jouke de Vries, Melissa van Hoorn, Henk Jan Bolding en Hans Vijlbrief.