Het bestuur van Nationaal Programma Groningen bestaat uit overheden (het Rijk, de provincie Groningen en gemeenten in het aardbevingsgebied) en diverse organisaties. De directeur stuurt het programmabureau aan en is de belangrijkste adviseur van het bestuur.
Het algemeen bestuur zet de grote lijnen uit en in het dagelijks bestuur zit een een afvaardiging van het algemeen bestuur.
Algemeen bestuur
Johan Remkes
Onafhankelijk voorzitterJouke de Vries
Uit het midden van de kennisinstellingenFrans Keurentjes
Uit het midden van de agrarische sectorBas Wallis de Vries
Uit het midden van de zorginstellingenSusan Top
Gedeputeerde provincie GroningenHenk Emmens
Gedeputeerde provincie GroningenHenk Jan Bolding
Burgemeester gemeente Het HogelandKoen Schuiling
Burgemeester gemeente GroningenAnnalies Usmany-Dallinga
Wethouder gemeente EemsdeltaAnita Winter
Uit het midden van het bedrijfslevenEddie van Marum
Staatssecretaris Herstel GroningenCora-Yfke Sikkema
Burgemeester gemeente OldambtHerman Rinket
Groninger GasberaadErica van Lente
Burgemeester gemeente Midden-GroningenEsther Borstlap
Uit het midden van de woningcorporatiesDagelijks bestuur
Johan Remkes, Koen Schuiling, Jouke de Vries, Henk Jan Bolding, Eddie van Marum, Susan Top, Anita Winter en Esther Borstlap.