Het bestuur van Nationaal Programma Groningen bestaat uit overheden (het Rijk, de provincie Groningen en gemeenten in het aardbevingsgebied) en diverse organisaties. De directeur stuurt het programmabureau aan en is de belangrijkste adviseur van het bestuur.
Het algemeen bestuur zet de grote lijnen uit en in het dagelijks bestuur zit een een afvaardiging van het algemeen bestuur.
Algemeen bestuur
Johan Remkes
Onafhankelijk voorzitter
Jouke de Vries
Uit het midden van de kennisinstellingen
Frans Keurentjes
Uit het midden van de agrarische sector
Bas Wallis de Vries
Uit het midden van de zorginstellingen
Susan Top
Gedeputeerde provincie Groningen
Henk Jan Bolding
Burgemeester gemeente Het Hogeland
Koen Schuiling
Burgemeester gemeente Groningen
Annalies Usmany-Dallinga
Wethouder gemeente Eemsdelta
Anita Winter
Uit het midden van het bedrijfsleven
Hans Vijlbrief
Staatssecretaris Mijnbouw
Herman Rinket
Groninger Gasberaad
Cora-Yfke Sikkema
Burgemeester gemeente Oldambt
Adriaan Hoogendoorn
Burgemeester gemeente Midden-Groningen
Hanke Bruins Slot
Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties
Johan Visser
Uit het midden van de chemische industrie
Esther Borstlap
Uit het midden van de woningcorporatiesDagelijks bestuur
Johan Remkes, Adriaan Hoogendoorn, Koen Schuiling, Jouke de Vries, Henk Jan Bolding, Hans Vijlbrief, Susan Top en Anita Winter.